Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada didirikan pada 27 September 1946 – sekitar setahun setelah Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya. Pada awalnya, itu adalah penggabungan Sekolah Tinggi Pertanian di Klaten dan Akademi Pertanian di Yogyakarta yang secara resmi didirikan oleh Kementerian Kemakmuran Republik Indonesia. Pada 19 Desember 1949, pemerintah Republik Indonesia melegitimasi pendirian Universitas Gadjah Mada di bawah Kementerian Pengajaran dan Kebudayaan, termasuk Fakultit Pertanian. Hingga 17 Agustus 1963, Fakultas ini diubah menjadi Fakultas Pertanian dan Kehutanan (1955-1963). Setelah itu, Fakultas Kehutanan dan Fakultas Teknologi Pertanian menjadi entitas independen di Universitas Gadjah Mada.
Departemen Tanah telah dikembangkan oleh para pendiri Fakultas Pertanian sejak awal didirikan. Sebagaimana diinstruksikan oleh Undang-Undang Pemerintah No. 37 Tahun 1950 pasal 3 tentang Universitat Gadjah Mada, mantan Dekan Fakultas Pertanian kita, Prof. Ir. Harjono Danusastro membentuk seksi dan departemen. Salah satu departemen adalah Departemen Tanah dan Pupuk dengan Prof. Ir Koesnoto Setyodiwirjo sebagai pelopor. Pada tahun 1972, Departemen Tanah dan Pupuk telah diubah menjadi Departemen Ilmu Tanah. Ini terdiri dari 5 spesialisasi termasuk Fisika Tanah, Kimia dan Kesuburan Tanah, Pedologi, Pengelolaan Tanah dan Air, dan Agrometeorologi.
Pada tahun 1984, berdasarkan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan) No. 0553/0/1983, istilah lembaga “Departemen” direorganisasi menjadi “Departemen”, diikuti oleh konversi nama lembaga menjadi “Jurusan Tanah”. Departemen mengembangkan Program Studi Ilmu Tanah pada tahun 1986 berdasarkan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan No. 22 / DIKTI / Kep / 85 dan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 221 / DIKTI / Kep / 1996 yang merupakan tindak lanjut dari pengembangan Kurikulum Nasional (Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0331 / U / 1994). Mulai tahun 2015, nama “Departemen” telah diubah menjadi “Departemen”.